agrupar por valores não nulos

Acho que o seguinte faz o que você quer:

SELECT *, (To_days(date_expires)-TO_DAYS(NOW())) as dayDiff, COUNT(id) AS change_count
FROM mytable
GROUP BY (case when source_id is null then id else source_id end)
HAVING dayDiff < 4 
ORDER BY (case when source_id is null then 1 else 0 end), date_created DESC

Faz um group by condicional então os sourceids NULL não serão agrupados. Em seguida, ele os coloca por último usando a lógica em order by .

Não entendi o que você quis dizer com última ocorrência. Agora acho que sim:

SELECT coalesce(s.id, mytable.id) as id,
       max(case when s.maxid is not null and s.maxid = myable.id then mytable.name
                when s.maxid is null then NULL
                else mytable.name
           end) as name,
       (To_days(date_expires)-TO_DAYS(NOW())) as dayDiff, COUNT(id) AS change_count
FROM mytable left outer join
     (select source_id, MAX(id) as maxid
      from mytable
      where source_id is not null
      group by source_id
     ) s
     on mytable.id = s.maxid
GROUP BY (case when source_id is null then id else source_id end)
HAVING dayDiff < 4 
ORDER BY (case when source_id is null then 1 else 0 end), date_created DESC

Isso une as informações do registro mais recente (com base no id mais alto).