Você não pode modificar um objeto de resultado mysqli. Esse objeto é apenas um identificador que permite acessar o conjunto de resultados do MySQL no servidor MySQL. Você também não pode mudar isso. Suas opções são:

1. Obtenha os dados do objeto de resultado em uma matriz, por exemplo $data[] = mysqli_fetch_assoc($result); . É então uma matriz normal que você pode modificar como desejar. Se você estiver fazendo isso em um loop, simplesmente não coloque a linha em sua matriz de dados se você não gostar.
2. Faça uma consulta com um WHERE cláusula que exclui as linhas indesejadas desde o início.
3. Se você quer dizer que deseja excluir completamente linhas específicas do banco de dados, você precisa fazer um DELETE FROM .. separado consulta, apenas removê-lo do conjunto de resultados não faria nada. Novamente, você pode fazer isso facilmente de uma só vez com um WHERE adequado cláusula, por exemplo DELETE FROM .. WHERE (lat, lon, something something..) .