Acho que você quer o seguinte:
$this->db->having('table1.second_id = table2.fi_second_id',false);
Você pode ou não aplicar o
false
parâmetro se você não precisar de consultas SQL com escape. $this->db->having('table1.second_id = table2.fi_second_id',false);
false
parâmetro se você não precisar de consultas SQL com escape.