Como você apontou na pergunta, um possível efeito colateral de reconectar automaticamente (se feito em um nível por instrução) é que não é seguro para transações.

A documentação do MySQL na verdade, afirma explicitamente que o recurso de reconexão automática afeta as transações:

Os aplicativos que não são escritos para lidar com isso podem quebrar facilmente. A documentação também lista vários outros efeitos colaterais causados ​​pelo recurso de reconexão automática, todos os quais podem fazer com que aplicativos não escritos antecipem o comportamento de funcionar incorretamente ou falhar.

Além disso, se a conexão com o banco de dados for perdida repentinamente, o servidor pode não liberar corretamente os bloqueios que estavam sendo mantidos pela conexão, portanto, parece que um aplicativo pode travar em alguns casos:

Editar:O link da documentação do MySQL na resposta parece não existir agora. Encontre a documentação atualizada aqui