A consulta foi bem sucedida (caso contrário
mysql_query() não retornaria true ) mas não insere nenhuma linha. A única explicação para isso é que o SELECT parte resulta em um conjunto vazio. Isso ocorre porque o LEFT JOIN retorna linhas que existem em t1 mas não em t2 , mas a seleção é feita em NULL linhas em t1 . Isso deve funcionar:
INSERT teamshalf
(`yearID` , `lgID` , `teamID` , `Half` ,
`divID` , `DivWin` , `Rank` , `G` , `W` , `L`)
SELECT DISTINCT t1.`yearID` , t1.`lgID` , t1.`teamID` ,
t1.`Half` , t1.`divID` , t1.`DivWin` , t1.`Rank` , t1.`G` , t1.`W` , t1.`L`
FROM `teamshalf_TEMP` t1 LEFT JOIN `teamshalf` t2 ON t1.`yearID` = t2.`yearID`
AND t1.`lgID` = t2.`lgID` AND t1.`teamID` = t2.`teamID`
AND t1.`Half` = t2.`Half` AND t1.`divID` = t2.`divID`
AND t1.`DivWin` = t2.`DivWin` AND t1.`Rank` = t2.`Rank`
AND t1.`G` = t2.`G` AND t1.`W` = t2.`W` AND t1.`L` = t2.`L`
WHERE t2.`yearID` IS NULL
Observe também que
mysql_query() é preterido. E você deve declarar colunas que devem conter dados como NOT NULL , então NULL não será aceito. E sua consulta será lenta, porque você não está usando índices. 
