Não tenho ideia de por que isso funciona, mas entrei no meu NuGet Package Manager e removi o MySql.Data.Entity (também verifiquei as dependências que removeram o MySql.Data). Entrei no meu .edmx e executei o 'Atualizar modelo do banco de dados...' e tudo funcionou.

(Observação:isso também removeu minha estrutura de entidade, então tive que adicioná-la novamente usando o NuGet Manager)

O...T...F?

Talvez outros possam confirmar isso...