Mysql
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Salvando o conteúdo do arquivo de texto no banco de dados:valor de string incorreto:'\xEF\xBB\xBF# W...' para a coluna 'conteúdo' na linha 1


Você está no caminho certo. Verifique o charset do seu banco de dados (é utf-8?). Se não for e você quiser usar UTF-8, altere o charset usando este comando SQL
alter table yourTableName DEFAULT CHARACTER SET utf8;

E leia este ótimo tutorial em usar UTF-8 em Python se você quiser converter sua string UTF-8 de volta.

Você pode remover o DOM usando este comando