Tanto quanto eu sei, você não pode passar variáveis diretamente para um script MySQL. O melhor que você pode fazer é definir variáveis de usuário em um script de shell wrapper. Algo como:
passed_var1=$1
passed_var2=$2
mainsql=script.sql
mysql $(usual_parameters) -e "set @user_var1=$passed_var1; set @user_var2=$passed_var2; source $mainsql"
Ajuste para uso real, é claro.
