Em princípio não deveria. Existem várias razões pelas quais ele não deve mudar, dependendo do tipo de seus valores:principalmente DATETIME e TIMESTAMP.
Os valores DATETIME nunca são convertidos, portanto, são independentes do fuso horário.
Os valores TIMESTAMP são convertidos (citação direta do manual aqui --- suponho que você tenha uma versão bastante recente do MySQL) "do fuso horário atual para UTC para armazenamento e de volta do UTC para o fuso horário atual para recuperação. não ocorre para outros tipos, como DATETIME.) Por padrão, o fuso horário atual para cada conexão é o horário do servidor. O fuso horário pode ser definido por conexão. Contanto que a configuração do fuso horário permaneça constante, você recuperar o mesmo valor armazenado. Se você armazenar um valor TIMESTAMP e, em seguida, alterar o fuso horário e recuperar o valor, o valor recuperado será diferente do valor armazenado. Isso ocorre porque o mesmo fuso horário não foi usado para conversão em ambas direcoes." (de http://dev.mysql.com/doc/refman /5.5/en/datetime.html ).
Portanto, em ambos os casos, os dados realmente armazenados no servidor não mudam (como deveria ser), mas os valores que suas consultas mostrarão podem ser diferentes antes e depois.