Se você estiver usando o InnoDB, que é apoiado por um log de transações para fins de recuperação e reversão, poderá se safar muito, especialmente em um ambiente de não produção.
A maneira mais fácil de encerrar uma consulta renegada é usar o shell do MySQL como usuário root:
SHOW PROCESSLIST;
Isso lhe dará uma lista das conexões atuais e um ID de processo para cada uma. Para encerrar qualquer consulta, como o número 19, use:
KILL 19;
Normalmente, isso desfaz e reverte a consulta. Em alguns casos isso não é suficiente e você pode ter que forçar o encerramento do processo do servidor MySQL com
kill -9 . Na maioria das circunstâncias, você deve poder reiniciar o servidor imediatamente e o banco de dados estará no último estado totalmente confirmado. 
