Você definiu wait_timeout para 1 então você dorme 3, o que vai acontecer? O MySql fechará a conexão após um segundo e você receberá o erro "Mysql Server has been away" com a próxima instrução porque você dorme por 3.

http://dev.mysql.com /doc/refman/5.1/en/server-system-variables.html#sysvar_wait_timeout

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A pergunta é duplicada de MySQL error 2006:mysql servidor sumiu

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Causas deste erro:

• low wait_timeout - solução:ping, reconecte ou aumente também
• pacotes grandes - solução:ajuste max_allowed_packet em meu.cfg

PDO reconnect - simula ping no PDO Como faço ping no banco de dados MySQL e reconecto usando PDO

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A única maneira (afaik) de se livrar desses avisos é definir o esperado (por exemplo, E_ERROR) relatório_de_erro nível. Você pode agrupar chamadas de pdo, por exemplo, para definir E_ERROR antes e redefinir para o padrão após a execução.

O PDO registra avisos/erros para fins de logs (sic!) para análises adicionais. O atributo que você definiu (por setAttribute ou construtor) altera apenas o tratamento/comportamento de erros do pdo - throw ou não:). Essas duas coisas estão separadas.