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Funções agregadas do MySQL com LEFT JOIN


Como você tem o filtro para as notes tabela no WHERE cláusula JOIN está agindo como um INNER JOIN , mova-o para o JOIN doença:
SELECT
  jobs.*,
  MAX(notes.`timestamp`) AS complete_date
FROM jobs
LEFT JOIN notes 
  ON (jobs.id=notes.job_id)
  AND (notes.type="complete" OR notes.type IS NULL)
WHERE (jobs.status="complete" OR jobs.status="closed")
GROUP BY jobs.id
ORDER BY complete_date ASC;

Isso também pode ser feito usando uma subconsulta, então você aplica o filtro de notas dentro da subconsulta:
SELECT
  jobs.*,
  n.complete_date
FROM jobs
LEFT JOIN
(
    select job_id, MAX(`timestamp`) AS complete_date
    from notes 
    where (type="complete" OR type IS NULL)
    group by job_id
) n
  ON (jobs.id=n.job_id)
WHERE (jobs.status="complete" OR jobs.status="closed")
ORDER BY complete_date ASC