Você precisa executar a instrução LOAD DATA INFILE com a opção adicional
FIELDS OPTIONALLY ENCLOSED BY '"'
Assim, toda a afirmação torna-se
LOAD DATA INFILE '<FILENAME>' INTO TABLE <TABLENAME>
FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '"'
LINES TERMINATED BY '\r\n'
(col1, col2, col3, ...)
Para leituras adicionais, consulte o excelente Manual de referência do MySQL por exemplo. para MySQL 5.1 GA.
