Insira um número desconhecido de linhas no MySQL usando PHP

Você pode inserir mais de uma linha por vez no MySQL:

INSERT INTO table1 (column1, column2, ...) VALUES (value_col1, value_col2), (value2_col1, value2_col2), ...;

Em PHP, você pode construir sua consulta percorrendo as linhas e adicionando-as à string SQL:

$sql = "INSERT INTO table1 (col1, col2) VALUES ";
foreach($rows as $i=>$row) {
    if ($i>0) {
        $sql .= sprintf(",(%s,%s)", $row["col1_value"], $row["col2_value"]);
    } else {
        $sql .= sprintf("(%s,%s)", $row["col1_value"], $row["col2_value"]);
    }
}
mysql_query($sql);

Você precisa ter certeza de escapar adequadamente de seus valores, dependendo do que está realmente inserindo.