Depende de como você deseja auditá-los. Se você estiver procurando por uma base por página, habilitar o criador de perfil será bom. Isso mostra todas as consultas executadas nesse carregamento de página, bem como o tempo necessário para executá-las. Veja o link abaixo no perfil.
http://codeigniter.com/user_guide/general/profiling.html
Se você deseja registrar todas as consultas à medida que elas acontecem e, em seguida, ler o arquivo de log posteriormente, será necessário estender a classe de banco de dados. Se este for o caso, comente e eu atualizarei/estenderei minha resposta ainda mais.
Estendendo para substituir
query() Estenda MY_Loader.php em /application/core/ e insira esta função
function database($params = '', $return = FALSE, $active_record = NULL)
{
// Grab the super object
$CI =& get_instance();
// Do we even need to load the database class?
if (class_exists('CI_DB') AND $return == FALSE AND $active_record == NULL AND isset($CI->db) AND is_object($CI->db)) {
return FALSE;
}
require_once(BASEPATH.'database/DB'.EXT);
// Load the DB class
$db =& DB($params, $active_record);
$my_driver = config_item('subclass_prefix').'DB_'.$db->dbdriver.'_driver';
$my_driver_file = APPPATH.'core/'.$my_driver.EXT;
if (file_exists($my_driver_file)) {
require_once($my_driver_file);
$db = new $my_driver(get_object_vars($db));
}
if ($return === TRUE) {
return $db;
}
// Initialize the db variable. Needed to prevent
// reference errors with some configurations
$CI->db = '';
$CI->db = $db;
}
Em seguida, crie /application/core/MY_DB_mysql_driver.php
Então dentro disso você pode sobrescrever query()
function query($sql, $binds = FALSE, $return_object = TRUE) {
// Do your stuff
return parent::query( $sql, $binds, $return_object );
}
Obviamente, substitua mysql no nome do arquivo para qualquer driver de banco de dados que você esteja usando/tentando estender.
Isso também funcionará com o Active Record como todos os
get() métodos chamam query() do driver para executar suas consultas. 
