A segunda consulta está sendo executada como uma "pesquisa de idioma natural", pois esse é o padrão quando nenhum tipo de pesquisa de idioma natural é especificado. Esse tipo de filtro de pesquisa também filtra palavras que estão presentes em 50% ou mais das linhas automaticamente.

"IN BOOLEAN MODE" faz essa filtragem adicional e, portanto, pode retornar correspondências se você estiver pesquisando um termo comum.

Se você deve ou não usar uma pesquisa booleana depende de quais são as especificidades da sua situação e não pode ser determinada sem mais informações. No entanto, algumas considerações podem incluir, tamanho do conjunto de dados de entrada versus o tamanho de um conjunto de dados correspondente que você deseja retornar e se deseja retornar resultados para palavras que ocorrem com frequência.

(Ref:http://dev.mysql.com/ doc/refman/5.1/en/fulltext-search.html )