Ou altere os dois aplicativos para que o aplicativo Java seja realmente o proprietário do banco de dados MySQL e o exponha como um serviço. Você está acoplando os dois aplicativos no nível do banco de dados fazendo o que está propondo.

Se você tiver um proprietário dos dados, poderá ocultar as alterações de esquema e outras por trás da interface de serviço. Você também pode tornar possível ter um mecanismo de publicação/assinatura para alertar as partes interessadas sobre alterações no banco de dados. Se essas coisas são importantes para você, eu reconsideraria deixar outro aplicativo acessar o MySQL diretamente.