Na minha experiência, esse problema foi devido à criação de uma conexão direta (com mysqljs/mysql biblioteca, desativando createConnection() ) em vez de usar createPool() que permite executar query() e libera a conexão automaticamente após a execução (fazendo getConnection() + query() + release() ).

Sem isso a conexão não é liberada e, na próxima tentativa de consulta, ocorre o erro fatal.

Consulte Conexões de pool .