você simplesmente não pode usar logrotate para fazer isso, você terá que primeiro mudar o nome do arquivo em my.cnf e depois fazer o que quiser fazer.recarregar o mysql.
se você quiser o logrotate way , você terá que desabilitar o log de consultas lentas para esse momento.
A coisa do logrotate foi sugerida pela equipe da percona e funciona para mim.
/var/mysql/slow_query.log {
nocompress
create 660 mysql mysql
size 1G
dateext
missingok
notifempty
sharedscripts
postrotate
/usr/local/bin/mysql -e 'select @@global.long_query_time into @lqt_save; set global long_query_time=2000; select sleep(2); FLUSH LOGS; select sleep(2); set global [email protected]_save;'
endscript
rotate 150
}