O que eu fiz no passado, para economizar centenas de linhas de inchaço, é isso...
Primeiro compile todo o html em uma variável, sem nenhuma instância "verificada".
$boxes = '';
$boxes .= '<input type="checkbox" name="utility[]" id="utility[]" value="Water" />Water<br />';
$boxes .= '<input type="checkbox" name="utility[]" id="utility[]" value="Cable" />Cable<br />';
$boxes .= '<input type="checkbox" name="utility[]" id="utility[]" value="Electricity" />Electricity<br />';
Agora eu faço um loop sobre sua matriz de campos para verificar. Eu forneci uma matriz de amostra aqui também.
$already_checked = array('Water', 'Electricity');
foreach( $already_checked as $ac ) {
$find = 'value="' . $ac . '"';
$replace = $find . ' checked="checked"';
$boxes = str_replace($find, $replace, $boxes);
}
echo $boxes;