Você pode usar qualquer plugin que permita editar banco de dados através do JDBC. Você precisará do driver MySql JDBC (obtenha aqui ).

Existe o próprio Projeto de Ferramentas de Dados do Eclipse (você pode obtê-lo como parte do Pacote BIRT ).

Dois plugins populares são o DBViewer e Eclipse SQL Explorer , mas há muitas outras opções. A maioria estes vai funcionar.

Pessoalmente, admito, prefiro trabalhar com uma ferramenta nativa, só não gosto de navegar pelas tabelas dentro do meu IDE (eu uso Sequência Pro , que é apenas para Mac).