Conforme declarado aqui por membro da equipe de documentação do MySQL:
It's not atomic. The records loaded prior to the error will be in the
table.
A solução alternativa é importar dados para uma tabela dedicada e, em seguida, executar
INSERT INTO ... SELECT ... que será a operação atômica. Em grandes conjuntos de dados, este é um problema potencial devido a transações longas. 
