Eu sugiro usar a ferramenta ETL (extract translate load) do Pentaho Business Intelligence pacote. Tem um pouco de curva de aprendizado, mas fará exatamente o que você está procurando. A ferramenta ETL deles é chamada Kettle e é extremamente poderosa quando você pega o jeito.

Existem duas versões do Pentaho, uma versão corporativa que possui uma versão de avaliação gratuita e uma versão gratuita da comunidade. A versão da comunidade é mais do que capaz, mas você também pode testar a versão corporativa.

Aqui estão alguns links

Site Pentaho Community Edition

Site da chaleira

Site Pentaho Enterprise

Atualização:várias saídas de tabela

Uma das principais etapas da sua transformação será uma combinação lookup-update . Esta etapa verifica uma determinada tabela para ver se existe um registro de seu fluxo de dados e insere um novo registro se não existir. Independentemente de ser um registro novo ou antigo, ele anexará o campo-chave desse registro em seu fluxo de dados. À medida que você continuar, você usará essas chaves como chaves estrangeiras à medida que importa dados para tabelas relacionadas.