Naturalmente, uma pesquisa final depois que eu postar a pergunta produz o resultado.
mysql - após inserir ignorar obtém chave primária
query = "INSERT IGNORE ..."
cursor.execute(query)
# Last row was ignored
if cursor.lastrowid == 0:
Isso faz uma consulta INSERT IGNORE e se a inserção for ignorada (duplicada), o lastrowid será 0.