Parece que há alguns bons analisadores por aí.

Este artigo SO tem um exemplo usando o Entity Framework do MS:
Analisando o código SQL em C#

Parece que outra pessoa criou o seu próprio e o colocou no Code Project:
http ://www.codeproject.com/KB/dotnet/SQL_parser.aspx

Pessoalmente, eu iria com a solução Entity Framework, uma vez que foi criada e mantida pela MS, mas também, portanto, provavelmente está intimamente ligada ao SQL Server. Como você está olhando para o MySQL, talvez queira usar a solução personalizada no Code Project, pois tenho certeza de que você pode codificar em soluções mais personalizadas conforme a gramática exigir.

Estarei usando isso em breve (para Oracle, não MySQL), então, por favor, informe a comunidade como a solução funciona!

ATUALIZAÇÃO :
Acabei de voltar e li os comentários... pensando melhor, eu realmente recomendo o ANTLR, já que ele suporta várias gramáticas. Mais uma vez, eu não usei, então será bom saber como funcionou, e cabe a você decidir.
https://stackoverflow.com/questions/76083/parsing-sql-in-net/76151