Você pode querer tentar isso:

1. 
   Conte o número de dias úteis (peguei de aqui )
   
   SELECT 5 * (DATEDIFF('2012-12-31', '2012-01-01') DIV 7) + MID('0123444401233334012222340111123400012345001234550', 7 * WEEKDAY('2012-01-01') + WEEKDAY('2012-12-31') + 1, 1)
   
   Isso lhe dá 261 dias úteis para 2012.
   
2. 
   Agora você precisa saber quais são suas férias que não são em um final de semana
   
   SELECT COUNT(*) FROM holidays WHERE DAYOFWEEK(holiday) < 6
   
   O resultado disso depende da sua mesa de férias.
   
3. 
   Precisamos obter isso em uma consulta:
   
   SELECT 5 * (DATEDIFF('2012-12-31', '2012-01-01') DIV 7) + MID('0123444401233334012222340111123400012345001234550', 7 * WEEKDAY('2012-01-01') + WEEKDAY('2012-12-31') + 1, 1) - (SELECT COUNT(*) FROM holidays WHERE DAYOFWEEK(holiday) < 6)
   
   Deve ser isso.
   

Editar:Esteja ciente de que isso só funciona corretamente se sua data de término for maior que sua data de início.