Você precisa armazenar o link de conexão do banco de dados em uma variável separada. Por exemplo
$connection_1 = mysql_connect("host:3306", "user", "password") or die(mysql_error());
mysql_select_db("Test", $connection_1) or die(mysql_error());
$connection_2 = mysql_pconnect("host2:3306", "user", "password") or die(mysql_error());
mysql_select_db("Test", $connection_2) or die(mysql_error());
mysql_query("your query", $connection_1); // run query for first connection
mysql_query("your query", $connection_2); // run query for second connection
