O @GeneratedValue só funciona para identificadores e, portanto, você não pode usá-lo. Se você usa MySQL, você é bastante limitado, pois as sequências de banco de dados não são suportadas.

InnoDB não' t suporta várias colunas AUTO_INCREMENT e se a sua tabela PK for AUTO_INCREMENTADA, então você tem duas opções:

1. 
   Vá para uma tabela separada que se comporte como um gerador de sequência, a solução que você já disse que não está feliz.
   
2. 
   Use um INSERT TRIGGER para incrementar essa coluna.