A questão não tem nada a ver com o modelo relacional ou SQL. É uma questão de desempenho.

Em alguns bancos de dados, é mais eficiente ordenar as colunas de uma maneira específica devido à forma como o acesso ao disco é realizado. A existência de uma vantagem significativa também é específica da plataforma. É um problema de E/S de baixo nível relacionado ao modo como o armazenamento subjacente é projetado e ao modo como ele é acessado pelo mecanismo. Os fornecedores de motores proprietários geralmente fornecem essas informações por meio de seus departamentos de educação e treinamento.

Eu acho que você teria que falar com alguém que conhece os detalhes do modelo de armazenamento e métodos de i/o para MySQL em sua plataforma específica ou alguém que tenha feito benchmark disso em sua plataforma para obter uma resposta.

É perfeitamente possível que eles o coloquem no disco de maneira otimizada e ocultem essa ordenação de coluna de você.