Você pode querer usar os comandos 'SELECT ... INTO OUTFILE' e 'LOAD DATA INFILE INTO TABLE'.
Edit:Elaboração...
Dadas as estruturas da tabela:
CREATE TABLE my_local_table (
id int NOT NULL auto_increment PRIMARY KEY,
data varchar(20),
created_on datetime);
CREATE TABLE server_table (
id int NOT NULL auto_increment PRIMARY KEY,
data varchar(20),
created_on datetime,
local_id int);
E alguns dados falsos:
INSERT INTO my_local_table (data, created_on) VALUES ('test', now()), ('test2', now());
Você usaria os seguintes comandos:
SELECT id, data, created_on
FROM my_local_table
WHERE created_on >= '2011-08-18'
INTO OUTFILE '/tmp/t.txt';
-- (and on the server)
LOAD DATA LOCAL INFILE '/tmp/t.txt'
INTO TABLE server_table
(local_id, data, created_on);
Para automatizar os dois, você pode usar um script bash/arquivo em lote chamando mysql conectando-se primeiro ao servidor local usando a primeira instrução e depois ao servidor remoto executando a segunda.
mysql -e 'SELECT....';
mysql -h remote_server -e 'LOAD DATA...';