O PDO é um pouco mais lento que o mysql_*Mas tem uma grande portabilidade. O PDO fornece uma interface única em vários bancos de dados. Isso significa que você pode usar vários bancos de dados sem usar mysql_query para mysql, mssql_query para MS sql etc. Basta usar algo como $db->query("INSERT INTO...") sempre. Não importa qual driver de banco de dados você está usando.

Assim, para projetos maiores ou portáteis, o PDO é preferível. Mesmo o framework zend usa PDO.