Para MySQL, tente MySQL Workbench .

Para MySQL e PostgreSQL, experimente o TOAD Data Modeler .

Se você usa o aplicativo de diagrama de código aberto Dia , existem várias ferramentas para gerar diagramas Dia a partir de bancos de dados SQL, incluindo MySQL e PostgreSQL.

atualizar: O MySQL Workbench 5.2 suporta diagramas de engenharia reversa de um banco de dados ativo, além de um script SQL. MySQL Workbench 5.2 acaba de anunciado seu Release Candidate 1 (em 12/05/2010).