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Como incrementar um contador e retornar o valor no MySQL

update mytable set count=last_insert_id(counter+1) where key='mykey'

Então
select last_insert_id()

last_insert_id() pode ser passado um argumento para 'defini-lo' (e retornar esse valor), e chamá-lo sem um argumento retornará o valor novamente. O estado interno usado por last_insert_id() é por conexão, o que significa que a mesma update declaração emitida em outra conexão não afetará a primeira.

Referência:last_insert_id()