Acabei de fazer uma importação/exportação de uma tabela (particionada) com 50 milhões de registros, foram necessários apenas 2 minutos para exportá-la de uma máquina razoavelmente rápida e 15 minutos para importá-la no meu desktop mais lento. Não havia necessidade de dividir o arquivo.
mysqldump é seu amigo, e sabendo que você tem muitos dados, é melhor comprimi-los
@host1:~ $ mysqldump -u <username> -p <database> <table> | gzip > output.sql.gz
@host1:~ $ scp output.sql.gz host2:~/
@host1:~ $ rm output.sql.gz
@host1:~ $ ssh host2
@host2:~ $ gunzip < output.sql.gz | mysql -u <username> -p <database>
@host2:~ $ rm output.sql.gz
