Apenas para adicionar minha configuração ao mix, estou usando o MySQL 5.7.8 que tem as mesmas regras estritas de sql_mode por padrão.
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Eu finalmente percebi o seguinte trabalhando no meu /etc/mysql/my.conf:
[mysqld] sql-mode="STRICT_TRANS_TABLES,NO_ENGINE_SUBSTITUTION"
ou seja, traço, não sublinhado e aspas em torno do valor.
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Não tenho outros arquivos my.conf além de /etc/mysql/my.conf
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Existem algumas configurações extras que estão sendo carregadas de /etc/mysql/conf.d/ mas estão em branco.
E isso parece funcionar para mim.