Aqui estão alguns exemplos innodb que funcionam em grandes tabelas de aprox. 60 a 500 milhões de linhas que demonstram as vantagens de uma tabela innodb bem projetada e a melhor forma de usar índices clusterizados (disponível apenas com innodb)
MySQL e NoSQL:Ajude-me a escolher o caminho certo
60 milhões de entradas, selecione entradas de um determinado mês. Como otimizar o banco de dados?
Reescrevendo mysql select para reduzir o tempo e gravando tmp no disco
Você também vai querer ler o seguinte:
http://dev.mysql.com/doc /refman/5.0/en/innodb-index-types.html
http://www. xaprb.com/blog/2006/07/04/how-to-exploit-mysql-index-optimizations/
Depois de resolver seus designs de tabela e otimizar sua configuração innodb:
http:// www.mysqlperformanceblog.com/2006/09/29/what-to-tune-in-mysql-server-after-installation/
http://www.mysqlperformanceblog.com/2007/11/03/ escolhendo-innodb_buffer_pool_size/
Você pode tentar algo como:
start transaction;
insert into target_table (x,y) select x,y from source_table order by x,y;
commit;
Espero que isto ajude.