Nas versões anteriores do MySQL ( <5.7.5 ) a única maneira de definir
variável foi gravando-a em my.cnf (para linux) e my.ini (para Windows) na seção [mysqld]:
[mysqld]
innodb_buffer_pool_size = 2147483648
Você precisa reiniciar seu servidor mysql para que ele funcione.
ATUALIZAÇÃO:
Referência:http://dev .mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-buffer-pool-online-resize.html
Observação
Por @FlyingAtom
