Eu acho que você deve sempre usar a abstração de nível mais alto facilmente disponível. Se seus dados forem geoespaciais, use objetos geoespaciais.

Mas tenha cuidado. Mysql é o pior banco de dados geoespacial que existe. Tudo bem para pontos, mas todas as suas funções de polígono estão completamente quebradas - eles alteram o polígono para seu retângulo delimitador e, em seguida, respondem a isso.

O pior exemplo que me atingiu é que, se você tem um polígono representando o Japão e pergunta quais são os lugares no Japão, Vladivostok entra na lista!

Oracle e PostGIS não têm esse problema. Espero que o MSSQL não e qualquer banco de dados Java usando JTS como seu mecanismo não. Bem Geoespacial. MySQL Geoespacial Ruim.

Basta ler aqui Como você usa consultas espaciais do MySQL para encontrar todos os registros no raio X? que está fixado em 5.6.1.

Viva!