Transformando o comentário de Mark G em uma resposta.
Depois que a tabela __EFMigrationsHistory for criada, o restante da atualização deverá ser executado.
CREATE TABLE `__EFMigrationsHistory` ( `MigrationId` nvarchar(150) NOT NULL, `ProductVersion` nvarchar(32) NOT NULL, PRIMARY KEY (`MigrationId`) );
Como alternativa, gere o script de sua(s) migração(ões) e aplique ao banco de dados manualmente usando este comando no Console do Gerenciador de Pacotes:
Script-Migration
Se você precisar gerar Todos os scripts, você pode usar este comando:
Script-Migration -from 0
