Não misture a sintaxe de junção SQL-89 "estilo vírgula" com SQL-92
JOIN sintaxe. Existem problemas sutis com a precedência desses dois tipos de operações de junção. No seu caso, a consequência é que está avaliando a condição de junção
LEFT JOIN antes do u alias de tabela existe. É por isso que não sabe o que u.usr_auto_key é. Você pode corrigir esse problema usando
JOIN sintaxe para todas as junções:SELECT
`u`.`usr_auto_key` AS `u__usr_auto_key`,
`s`.`set_auto_key` AS `s__set_auto_key`,
`u2`.`usr_auto_key` AS `u2__usr_auto_key`,
`u2`.`set_auto_key` AS `u2__set_auto_key`,
`u2`.`value` AS `u2__value`
FROM `User` `u` JOIN `Setting` `s`
LEFT JOIN `User_Setting` `u2` ON `u`.`usr_auto_key` = `u2`.`usr_auto_key`
WHERE (`s`.`sct_auto_key` = 1 AND `u`.`usr_auto_key` = 1 AND admin_property is null)
Não vi nenhuma condição de junção entre
u e s em sua consulta, então suponho que você pretende que este seja um produto cartesiano? Para obter mais detalhes sobre a interação entre os dois formulários de sintaxe para junção, consulte a seção Join Processing Changes in MySQL 5.0.12 na página http://dev.mysql.com/doc/ refman/5.0/en/join.html
Re seu comentário:Como eu disse, tem a ver com a precedência do operador. Se você tiver uma consulta SQL com
FROM A, B JOIN C então ele avalia o B JOIN C antes de prestar atenção em A -- que inclui a atribuição de aliases de tabela. Portanto, se sua condição de junção para B JOIN C usa o alias de tabela para A você recebe um erro porque esse alias ainda não existe. Se você reverter e executar
B, A JOIN C então, como ele avalia a condição de junção para A JOIN C o alias para A está disponível e funciona (pelo menos neste caso). Mas esta é uma solução frágil, porque você também pode precisar de uma consulta que não pode ser corrigida apenas reordenando
A e B . É melhor parar de usar a sintaxe de junção desatualizada com vírgulas. Então qualquer expressão de junção tem acesso a todos os seus aliases de tabela e você nunca terá esse problema em nenhuma consulta. 
