Use
LEFT JOIN em vez de INNER JOIN :SELECT c.id, c.name, c.unit, COUNT(p.category_id) as active_count
FROM `categories` c
LEFT JOIN `products` p
ON c.id = p.category_id AND p.is_active = 1
GROUP BY c.id;
Também é importante mover o predicado
p.is_active = 1 de WHERE cláusula para ON , para que todos registros de categories tabela são retornados pela consulta.