Você provavelmente terá que alterá-lo tanto para o cliente (você está executando para fazer a importação) quanto para o daemon mysqld que está executando e aceitando a importação.
Para o cliente, você pode especificá-lo na linha de comando:
mysql --max_allowed_packet=100M -u root -p database < dump.sql
Além disso, altere o arquivo my.cnf ou my.ini (geralmente encontrado em /etc/mysql/) na seção mysqld e defina:
max_allowed_packet=100M
ou você pode executar estes comandos em um console MySQL conectado a esse mesmo servidor:
set global net_buffer_length=1000000;
set global max_allowed_packet=1000000000;
(Use um valor muito grande para o tamanho do pacote.)
