Parece que você já sabe a resposta, mas lembre-se, mantenha os sistemas que você projeta simples de modificar, pois os modelos de negócios sempre mudam com o tempo ou eventualmente falham (é uma generalização, mas você entendeu). Um corolário disso é que se você fizer um modelo rígido, rápido ou lento, é rígido, as mudanças serão mais difíceis e o usuário final não verá a diferença, portanto, nenhuma mudança de dinheiro/felicidade é alcançada, a menos que seja uma mudança muito ruim. Seu problema não é técnico no sentido de uma consulta funcionar no mecanismo, mas mais filosófico, mudanças fáceis versus velocidade aparente. Pergunte a si mesmo, qual é a vantagem de ter um banco de dados normalizado? Pense em uma arquitetura e design limpos, o desempenho é o menor problema no mundo de hoje, pois o processamento é mais barato e o armazenamento também. Mas o design é caro. A normalização foi feita para fazer sistemas que não dependam de decisões de última hora, mas de um processo de design estruturado. Tabelas grandes não são um grande problema para o MySql, mas são muito importantes para manter, modificar e expandir. Não se trata apenas de adicionar mais uma coluna, trata-se da estrutura rígida dos dados em si. Eventualmente, com o tempo, você apenas adicionará colunas que contêm índices, e esses índices estarão apontando para pequenas tabelas. O MySql estará arando todos esses dados de qualquer maneira.