Eu me deparei com esse mesmo problema, mas acho que sei o que está causando a confusão. Se você usa o MySQL Query Analyzer, pode fazer isso muito bem:
SELECT myvalue
INTO @myvar
FROM mytable
WHERE anothervalue = 1;
No entanto, se você colocar essa mesma consulta no MySQL Workbench, ele gerará um erro de sintaxe. Não sei por que seriam diferentes, mas são.
Para contornar o problema no MySQL Workbench, você pode reescrever a consulta assim:
SELECT @myvar:=myvalue
FROM mytable
WHERE anothervalue = 1;