Inicie o criador de perfil com
SET profiling = 1;
Em seguida, execute sua consulta.
Com
SHOW PROFILES;
você vê uma lista de consultas para as quais o criador de perfil tem estatísticas. E, finalmente, você escolhe com qual consulta examinar
SHOW PROFILE FOR QUERY 1;
ou qualquer número que sua consulta tenha.
O que você obtém é uma lista onde exatamente quanto tempo foi gasto durante a consulta.
Mais informações no manual.