As razões pelas quais você deve usar a extensão MySQLi em vez da extensão MySQL são muitas:

1. O MySQLi fornece instruções preparadas - uma maneira mais segura de enviar dados ao MySQL e protegê-lo contra injeção de SQL. Isso por si só deve ser suficiente para sempre escolher MySQLi em vez de MySQL .
2. O MySQLi habilita a maioria dos recursos do MySQL.
3. O MySQLi é orientado a objetos.
4. O MySQLi suporta instruções preparadas, transações e várias instruções.
5. A antiga extensão MySQL está descontinuada a partir do PHP 5.5.0

E há outros benefícios. Mas principalmente, você deve se concentrar em segurança e estabilidade - e o MySQLi oferece exatamente isso.