Este relatório de bug sugere que DISTINCT ON funciona corretamente no SQLAlchemy 0.7+. Eu acho que uma atualização está em ordem, a menos que você tenha descoberto um bug na versão 0.7.

Soluções alternativas. . .

• Seja voluntário para ajudar a preparar o pacote 0.7 para o Ubuntu.
• Baixar e instale a partir da fonte.
• Reescreva as consultas para evitar DISTINCT ON . Não tenho certeza se isso é possível no caso mais geral.