Sequelize upsert() nunca atualiza e apenas insere

No seu exemplo upsert() você não está fornecendo o id da entrada no método upsert. Isso significa que sequelize não pode corresponder ao id para uma linha (porque o id é indefinido) e, portanto, insere uma nova linha.

Mesmo se você usar uma chave primária diferente, ela sempre deve ser uma propriedade para corresponder, pois sequelize usa a chave primária para procurar uma linha existente.

createOrUpdateTransaction: {
    type: Transaction,
    args: {
        // Omitted code...
    },
    resolve: (root, args) => {
        return db.models.transaction.upsert({
            // The id property must be defined in the args object for 
            // it to match to an existing row. If args.id is undefined 
            // it will insert a new row.
            id: args.id, 
            time: new Date().toString(),
            payerAccountNumber: args.payerAccountNumber,
            recipientAccountNumber: args.recipientAccountNumber,
            amount: args.amount,
            currency: args.currency,
            paymentMethod: args.paymentMethod,
            cardNumber: args.cardNumber,
            cardName: args.cardName,
            cardNetwork: args.cardNetwork,
            // Omitted fields ...
        })
    }
}