PostgreSQL
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Usando vários bancos de dados e esquemas POSTGRES com o mesmo modelo Flask-SQLAlchemy


Finalmente encontrei uma solução para isso.

Essencialmente, não criei novas classes para cada banco de dados, apenas usei diferentes conexões de banco de dados para cada um.

Esse método por si só é bastante comum, a parte complicada (da qual não consegui encontrar exemplos) foi lidar com diferenças de esquema. Acabei fazendo isso:
from sqlalchemy import create_engine
from sqlalchemy.orm import sessionmaker

Session = sessionmaker()

class ContentProvider():

    db = None
    connection = None
    session = None

    def __init__(self, center):
        if center == A:
            self.db = create_engine('postgresql://%(user)s:%(pw)[email protected]%(host)s:%(port)s/%(db)s' % POSTGRES_A, echo=echo, pool_threadlocal=True)
            self.connection = self.db.connect()
            # It's not very clean, but this was the extra step. You could also set specific connection params if you have multiple schemas
            self.connection.execute('set search_path=A_schema')
        elif center == B:
            self.db = create_engine('postgresql://%(user)s:%(pw)[email protected]%(host)s:%(port)s/%(db)s' % POSTGRES_B, echo=echo, pool_threadlocal=True)
            self.connection = self.db.connect()
            self.connection.execute('set search_path=B_schema')

    def get_fra_list(self):
        logging.debug("Fetching fra list")
        fra_list = self.session.query(FRARecord.fra_code)
        return fra_list