Tive esse mesmo problema e acho que consegui resolver. Usei o pacote CSV Import/Export para exportar todas as minhas variações. Você notará que o estoque está definido como 0 quando deve ter um valor de null .

Você tem duas opções aqui:

1. Entre em cada produto individual, clique na guia variações e expanda cada variação - desmarcando a caixa de seleção "gerenciar estoque":
2. Você pode localizar e substituir no banco de dados substituindo o valor 0 por nulo.